制药工程专业是以生产药品为对象的工程类专业，是建立在药学、化学、生物学、工程学和医学基础上的交叉学科，是化学和制药类的前沿学科领域。制药工程专业于2011年被批准为黑龙江省重点专业，现有化学制药和药物制剂两个专业方向。专业与日本新潟大学、日本德岛文理大学有着多年的合作交流，专业教师中有6人具有博士学位，并且均有海外留学经历。

该专业开设物理化学、有机化学、化工原理、应用波普解析、药物合成反应、药物化学、药理学、药剂学、药品检验、制药过程安全与环保、药品生产质量管理、企业管理与技术经济、天然药物化学、制药工程工艺车间设计、制药工艺学等20余门必修课。培养以化学为基础，掌握化学制药、生物制药、中药制药、药物制剂技术与工程的基本理论、基本知识及药物生产装置工艺与设备设计方法；具有对药物新资源、新产品、新工艺进行研究、技术开发和工艺与工程设计的能力，熟悉国家关于药物产品的生产、设计、研究与开发，环境保护等方面的方针、政策和法规的专业应用型技术人才。

学生毕业后，能在医药、农药、精细化工及其相关企事业单位从事医药、化工产品生产、开发、研究以及经营、组织、管理、销售与服务等方面工作。